Здравствуйте!

Попробуем разобраться, но ответ здесь не заменяет вашей консультации в контролирующих органах и изучения нормативных документов.

Вы в России? СЭС нет уж с 90-х годов...Роспотребнадзор сейчас.
Когда проверяющий что-то утверждает, необходимо просить указать пункты в нормативной документации, исходя из которых это утверждается.
В мед.учреждении, осуществляющем вакцинацию, также должны быть экземпляры действующих нормативных актов по вацинопрофилактике, в данном случае
Санитарно-эпидемиодогические правила СП 3.3.2342-08 "Обеспечение безопасности иммунизации"и инструкции к конкретным препаратам (АКДС, АДС-М).

В инструкции к АКДС написано (действующую инструкцию нашла на сайте ГРЛС)
что есть форма выпуска 1 мл две дозы по 0,5 мл.
в то же время тм указано (Способ применения и дозировка) - препарат во вскрытой ампуле хранению не подлежит.

В инструкции к АДС-М
есть форма выпуска 1 мл - две прививочные дозы.
Препарат во вскрытой ампуле хранению не подлежит.

Можете проверить, прочитав инструкции к вакцинам непосредственно из коробок, которые находятся в вашем учреждении.
Если там это указано, то да, хранить эти вскрытые и уполовиненые ампулы вы не можете. Или вводите сразу вторую дозу, если одновременно есть второй пациент на эту прививку, или утилизируете остаток.

этого достаточно. Инструкция - один из основных документов по применению, транспортировке и хранению конкретных вакцин.