Это полностью противоречит статье 60.2 ТК РФ:
Предыдущая часть этой статьи вполне конкретно фиксирует
Вопрос с кусочками ставок, когда занимают в рамках ставки и 0,25, и 0,5 и ещё 0,25 - вопрос острый, но толком не урегулированный. При применении окладной системы оплата привязывается не к результатам труда, а к фактически отработанному времени. Ставки тоже привязаны к времени работы, поэтому и получается несостыковка: в рамках трудового договора должна быть зафиксирована конкретная должность по штатному расписанию, а по штатке будут как раз кусочки и единой должности не будет.  

В общем, понятно, что врач сделал дело и имеет право требовать оплаты, но руководитель изначально не имел законных оснований требовать выполнения этой работы, поэтому имеем дырку в законе. В прочем, не единственную...