Если это протокол от федерального НИИ, можно самостоятельно обратиться в Минздрав РФ либо в Министерство здравоохранения МО.(поискать на их сайте отдел по оказанию ВТМП). Протокол, если он подписан региональной комиссией, нужно  сначала отправить в Министерство здравоохранения Московской области. http://mz.mosreg.ru/struktura/spravochnik/ (позвоните в Управление организации медицинской помощи взрослому населению и уточните, куда именно Вам нужно это отправить). Комплект документов следующий:
1) выписка из протокола решения Врачебной комиссии;
2) письменное заявление пациента (его законного представителя, доверенного лица), содержащее следующие сведения о пациенте:
а) фамилия, имя, отчество (при наличии);
б) данные о месте жительства;
в) реквизиты документа, удостоверяющего личность и гражданство;
г) почтовый адрес для направления письменных ответов и уведомлений;
д) номер контактного телефона (при наличии);
е) электронный адрес (при наличии);
3) согласие на обработку персональных данных гражданина (пациента);
4) копии следующих документов:
а) паспорт гражданина Российской Федерации;
б) свидетельство о рождении пациента (для детей в возрасте до 14 лет);
в) полис обязательного медицинского страхования пациента (при наличии);
г) свидетельство обязательного пенсионного страхования пациента (при наличии);
д) выписка из медицинской документации пациента за подписью руководителя медицинской организации по месту лечения и наблюдения пациента (Выписка из медицинской документации пациента, оформленная лечащим врачом, должна содержать диагноз заболевания (состояния), код диагноза по МКБ-X , сведения о состоянии здоровья пациента, проведенных диагностике и лечении, рекомендации о необходимости оказания ВМП.
е) результаты лабораторных, инструментальных и других видов исследований, подтверждающие установленный диагноз.
8. В случае обращения от имени пациента законного представителя пациента (доверенного лица):
1) в письменном заявлении дополнительно указываются сведения о законном представителе (доверенном лице), указанные в подпункте 2 пункта 7 настоящего Порядка;
2) дополнительно к письменному обращению пациента прилагаются:
а) копия паспорта законного представителя пациента (доверенного лица пациента);
б) копия документа, подтверждающего полномочия законного представителя пациента, или заверенная в установленном законодательством Российской Федерации порядке доверенность на имя доверенного лица пациента.

Решение о наличии показаний для направления на ВТМП принимается в течение 10 дней с момента поступления документов.  Когда  есть протокол врачебной комиссии о наличии показаний, шансы получить квоту, конечно, есть, и они выше, нежели при отсутствии такого протокола. Нужно просто собрать все необходимые документы по списку, отправить и ждать решения. Если оно будет положительным, то сформируют талон, оговорят с организацией сроки и известят Вас. Сроки ожидания непосредственно направления в конкретное учреждение различны.