Профилактика заражения паразитарными заболеваниями (инвазиями), как глистными, так и протозойными, заключается в соблюдении личной гигиены и в правильной обработке пищи. Лямблиоз, нематодные инвазии (аскаридоз, трихуриаз, энтеробиоз, токсокароз и др.) и эхинококкоз - это болезни грязных рук и не только. Цисты лямблий могут распространяться с водопроводной водой, они устойчивы к хлору и не задерживаются бытовыми фильтрами для воды. Поэтому некипяченую воду нельзя пить, и для чистки зубов тоже лучше использовать кипяченую. Яйца и цисты паразитов могут переноситься механическими векторами - мухами. Для предотвращения заражения через овощи и фрукты нужно их тщательно мыть проточной водой и окатывать кипяченой. При кратковременной обработке кипятком (меньше 5 минут) яйца и цисты паразитов не успевают погибнуть. Заражение детей токсокарозом (паразитами собак) часто происходит при игре в песочнице, поэтому в некоторых странах Европы песочницы на детских площадках запрещены. Эхинококкозом заражаются при проглатывании яиц этого паразита собак, поэтому нельзя гладить и играть с бродячими и деревенскими собаками, имеющими доступ ко внутренностям забиваемых домашних животных.
Другие инвазии (токсоплазмоз, трихинеллез, тениоз и тениаринхоз) можно получить, главным образом при недостаточной термической обработке мяса, при использовании в пищу домашних копченостей из мяса, не прошедшего ветеринарный контроль. Дифиллоботриозом и описторхозом заражаются при употреблении в пищу недостаточно обработанной термически рыбы или икры домашнего приготовления. Один из источников заражения - вобла к пиву, поскольку при засолке и просушивании личинки паразитов в мышцах рыбы не погибают. В последние годы в связи с популярностью японской кухни (суши) распространился анизакидоз, которым заражаются через сырую морскую рыбу. Таким образом, профилактика инвазий достаточно проста. Однако, нельзя исключить и возможности случайных заражений, например, воздушно-пылевым путем.